มีขั้นตอนการขออนุญาต  3 ขั้นตอนตามลำดับดังนี้ 

ขั้นตอนที่ 1 ขออนุญาตสถานที่

• • สถานที่ 
    • กรณีสถานที่ผลิตอาหาร / นำเข้าอาหารที่จดทะเบียนสถานประกอบการที่กรุงเทพมหานคร ยื่นเอกสารเปิดสิทธิ์ได้ที่ศูนย์บริการผลิตภัณฑ์สุขภาพเบ็ดเสร็จ one stop service center) สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา จ.นนทบุรี
    • กรณีสถานที่ผลิตอาหาร/ นำเข้าอาหารที่จดทะเบียนสถานประกอบการที่ต่างจังหวัด ยื่นเอกสารเปิดสิทธิ์ได้ที่กลุ่มงานคุ้มครองผู้บริโภคและเภสัชสาธารณสุข สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดนั้น ๆ
    • ศึกษารายละเอียดเพิ่มเติม 
      • กรณีสถานที่ผลิตอาหาร
      • กรณีสถานที่นำเข้าอาหาร 

ขั้นตอนที่ 2 ขออนุญาตผลิตภัณฑ์ 

• • การขอผลิตภัณฑ์
    • ให้ดำเนินการยื่นคำขอจดทะเบียนอาหาร/แจ้งรายละเอียดอาหาร (สบ.7) ด้วยวิธีการทางอิเล็กทรอนิกส์ (e-Submission)
    • หน่วยงานตรวจวิเคราะห์อาหาร
      • ห้องปฏิบัติการตรวจวิเคราะห์อาหารต้องเป็นหน่วยงาน ดังนี้
        1. หน่วยงานของรัฐทั้งในประเทศ และต่างประเทศ หรือ
        2. หน่วยงานหรือองค์กรที่ได้รับมอบหมายหรือได้รับการรับรองจากหน่วยงานของรัฐของประเทศนั้นๆ หรือ
        3. หน่วยงานหรือองค์กรทั้งในประเทศและต่างประเทศที่ได้รับการรับรองโดย หน่วยงานรับรองห้องปฏิบัติการตามมาตรฐานสากล (ISO/IEC 17025)

- หน่วยงานข้อ (2) หรือ (3) รายการตรวจวิเคราะห์และชนิดอาหาร ต้องได้รับการรับรองตรงตามที่กำหนดในประกาศฯ ของอาหารชนิดนั้น ๆ

ขั้นตอนที่ 3 ขออนุญาต โฆษณา  (ถ้ามี)

• • การขออนุญาตโฆษณาอาหาร
    • กรณีที่ 1 การโฆษณาอาหารที่ประสงค์จะเผยแพร่ทั่วประเทศ ให้ยื่นคำขอต่อสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยาโดยยื่นคำขออนุญาตโฆษณาอาหารผ่านระบบ e-Submission ตามคู่มือสำหรับประชาชน การขออนุญาตโฆษณาอาหาร
    • กรณีที่ 2 การโฆษณาอาหารที่ประสงค์จะเผยแพร่เฉพาะพื้นที่ภายในจังหวัด เช่น การโฆษณาทางสื่อวิทยุกระจายเสียง เครื่องขยายเสียง หรือทางสิ่งพิมพ์ ยกเว้นการโฆษณาทางสื่อโทรทัศน์ อินเตอร์เน็ต สามารถยื่นคำขอได้ที่สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดนั้น ๆ ตามข้อกำหนดในคู่มือสำหรับประชาชนในการขออนุญาตโฆษณาอาหาร ของสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดนั้น ๆ
    • คู่มือการขออนุญาตน้ำบริโภคในภาชนะบรรจุที่ปิดสนิท น้ำแร่ธรรมชาติ และน้ำแข็ง